화과자의 종류는 수분 함량에 따라서 크게 세 가지로 구별할 수 있다. 수분 함량이 20% 이하인 화과자를 히가시(干菓子, 건과자), 40% 이상인 화과자를 나마가시(生菓子, 생과자)라고 부르며, 그 중간을 한나마가시(半生菓子, 반생과자)로 나뉜다.

히가시(干菓子, 건과자)는 구움 과자: 보로, 소성엽와 엿 과자: 오코시, 유평, 아메다마 등이 대표적이다. 굽거나 건조한 과자라 오랫동안 보관할 수 있다는 게 큰 장점이다.

나마가시(生菓子, 생과자)는 화과자 중 수분 함량이 가장 많으며 우리나라의 떡과 형비슷하다고 보면 된다. 생과자는 앙금을 위주로 한 것이 많다. 만쥬, 당고, 오하기(おはぎ;찹쌀 반죽 속에 팥, 콩고물, 깨 등을 넣고 찐 경단), 다이후쿠(大福; 찹쌀떡) 같은 찜 과자류, 네리키리 류(練りきり;찹쌀과 팥앙금으로 만든 일본식 떡), 구운 과자류, 요깡류가 있다.

한나마가시(半生菓子, 반생과자) 중에는 모나카, 스하마(すはま;설탕과 물엿을 섞은 콩가루를 동그랗게 만든 것), 모모야마(桃山;팥앙금에 달걀과 설탕을 넣고 구운 것), 밤만쥬 등인데 이 중에서 모나카는 찹쌀가루와 쌀을 섞어 반죽하고 찐 것을 얇게 밀어 펴서 원하는 모양으로 잘라 구운 후 그 두 장 사이에 앙금을 끼운 과자이다. 동판 위에서 굽는 과자로 도라야끼, 와카아유키가 대표적이다.

일본의 사계절을 담아내는 화과자는 벚꽃, 수국, 단풍, 국화, 눈 등을 소재로하여 계절의 운치를 느낄 수 있다. 월별로 1월 화전, 2월 병아리, 3월 유채꽃, 4월 벚꽃, 5월 붓꽃, 6월 수국, 7월 물모란, 8월 참새 떼, 9월 도라지, 10월 국화, 11월 단풍, 12월 동백의 형태를 본따 만든 과자들이 대표적이며, 특히 여름에는 한천을 많이 사용하여 투명한 느낌을 줌으로써 시원하게 보이는 시각적 효과를 더하고 있다.