สำหรับใครที่อยากเข้าศึกษาต่อที่ประเทศญี่ปุ่น การติดต่อผ่านเอเจนซีในไทยเป็นขั้นตอนที่ง่ายที่สุด เพราะจะมีคนคอยช่วยเตรียม เช็คเอกสารและคอยดำเนินการให้ ทำให้ผู้เรียนไม่ต้องยุ่งยากมากนัก และหากมีปัญหาอะไรขณะที่อยู่ในญี่ปุ่นก็ยังสามารถมาขอคำปรึกษาหรือความช่วยเหลือจากทางเอเจนซีได้

แต่การสมัครเรียนผ่านเอเจนซีผู้เรียนอาจเลือกโรงเรียนสอนภาษาหรือเซมมง (วิทยาลัยอาชีพ) หรือมหาวิทยาลัยในญี่ปุ่นได้ไม่หลากหลายเท่าไหร่ ส่วนใหญ่แล้วเอเจนซีในไทยมักมีสัญญาร่วมกับทางโรงเรียนสอนภาษามากกว่า ทำให้ส่วนใหญ่จะแนะนำเฉพาะที่ๆมีสัญญาร่วมกันเท่านั้น

ตัวอย่างของเอเจนซีในไทยมีหลายแห่งด้วยกัน อาทิเช่น Mainichi, Jeducation เป็นต้น

การสมัครเรียนต่อด้วยตนเองจะเหมาะสมกับคนที่อยากเข้าศึกษาต่อเข้ามหาวิทยาลัยที่ตนเองต้องการ ทั้งระดับปริญญาตรี นักศึกษาวิจัย (ปริญญาโทและเอก) เพราะเราสามารถเลือกได้อย่างอิสระ นอกจากนี้ยังเหมาะสำหรับคนที่อยากเรียนต่อเบกกะ (หลักสูตรเรียนภาษาญี่ปุ่นในเครือมหาวิทยาลัย) ผู้ที่สนใจก็สามารถติดต่อหรือปรึกษาเจ้าหน้าที่ได้โดยตรง เพราะมีบางมหาวิทยาลัยที่มีศูนย์ตั้งอยู่ในประเทศไทย อาทิเช่น มหาวิทยาลัยวาเซดะ มหาวิทยาลัยโทไก มหาวิทยาลัยชูโอ เป็นต้น

อย่างไรก็ตาม หากใครที่สนใจอยากเข้าศึกษามหาวิทยาลัยหรือเซมมงที่ไม่มีศูนย์ในไทย ก็สามารถสมัครได้โดยการติดต่อไปทางมหาวิทยาลัยโดยตรง โดยเราอาจส่ง E-mail สอบถามข้อมูลเพิ่มเติม โดยส่วนใหญ่แล้วหากผู้ที่สนใจไม่สะดวกในการใช้ภาษาญี่ปุ่น ก็สามารถใช้ภาษาอังกฤษเป็นสื่อกลางในการสื่อสารได้ โดยเราต้องศึกษากฎเกณฑ์และคอยติดตามช่วงเวลาเปิดรับสมัครที่หน้าเว็บไซต์นั้นๆด้วยตนเอง

ข้อเสียคือค่อนข้างมีความยุ่งยากเล็กน้อย ต้องดำเนินเรื่องเองทั้งหมด และไม่มีใครคอยตรวจเช็คเอกสารให้เรา ว่าเราทำถูกหรือไม่ เหมือนการสมัครผ่านเอเจนซี ดังนั้น ผู้ที่สนใจจึงควรมีความรอบคอบก่อนยื่นส่งเอกสารเป็นอย่างมาก

การหาทุนการศึกษาเป็นขั้นตอนที่หลายๆคนใฝ่ฝัน เพราะช่วยในเรื่องค่าใช้จ่ายได้ในระดับหนึ่ง ในปัจจุบันมีทุนมากมายหลายประเภทที่มอบให้กับผู้ที่สนใจศึกษาต่อ มีทั้งทุนระดับปริญญาตรี โทไปจนถึงปริญญาเอก นอกจากนี้ยังมีทุนสำหรับบุคลากรทั่วไป และทุนสำหรับนักเรียนภาควิชาภาษาญี่ปุ่นโดยเฉพาะอีกด้วย

การขอทุนส่วนใหญ่มักจะต้องผ่านการคัดเลือกโดยการสมัคร สอบข้อเขียนและสอบสัมภาษณ์ ซึ่งองค์กรผู้มอบทุนการศึกษาที่ใครๆต่างรู้จักกันดีก็คือ JASSO (Japan Student Services Organization) เป็นองค์กรอิสระที่ก่อตั้งขึ้นภายใต้กระทรวงศึกษาธิการของญี่ปุ่น ทำหน้าที่คอยช่วยเหลือในเรื่องของเงินทุนการศึกษาให้กับนักเรียนที่ประสบกับปัญหาด้านการเงิน รวมไปถึงนักเรียนต่างชาติที่อยากศึกษาต่อที่ประเทศญี่ปุ่นด้วย

ทุนที่ดูแลโดยองค์กร JASSO แบ่งเป็นประเภทดังนี้

3.1) Monbukagakusho Honors Scholarship for Privately-Financed International Students
ทุนการศึกษา Monbukagakusho หรือที่ใครมักเรียกติดปากกันว่าเป็น “ทุนมง” เป็นทุนที่ใครหลายๆคนต่างใฝ่ฝัน เพราะไม่เพียงแต่มีเงินค่าครองชีพให้ แต่ยังได้รับการยกเว้นค่าเล่าเรียนและค่าตั๋วเครื่องบินอีกด้วย ซึ่งทุนการศึกษานี้ครอบคลุมถึงระดับการศึกษาต่างๆ อาทิเช่น ระดับปริญญาตรี ทุนนักศึกษาอบรมวิชาชีพครู ทุนนักศึกษาวิจัย ทุนญี่ปุ่นศึกษา เป็นต้น แนะนำว่าผู้ที่สนใจควรศึกษาข้อมูลโดยระเอียดว่าตรงกับเงื่อนไขและประเภททุนที่ต้องการหรือไม่ โดยทุนนี้เราสามารถสมัครได้ทั้งก่อนเข้าประเทศญี่ปุ่นและตอนอยู่ในประเทศญี่ปุ่นแล้ว

3.2) Student Exchange Support Program (Scholarship for Short-term Study in Japan)
สำหรับทุนการศึกษานี้ สำหรับนักศึกษาต่างชาติในโครงการแลกเปลี่ยนระยะสั้น โดยมีระยะเวลา 1 ปี โดยเป็นโครงการสำหรับการการแลกเปลี่ยนระยะสั้นของสถานศึกษาในประเทศไทยและในประเทศญี่ปุ่น กล่าวคือ ผู้ที่สามารถยื่นขอทุนนี้ได้ต้องศึกษาทางด้านภาควิชาภาษาญี่ปุ่นเท่านั้น

ในการยื่นขอทุน ผู้สมัครจำเป็นต้องทำการสอบวัดระดับความสามารถภาษาญี่ปุ่น และความรู้พื้นฐานทางวิชาการหรือที่เรียกกันว่า EJU (ข้อสอบที่ใช้สำหรับวัดระดับและความสามารถของนักเรียนต่างชาติ) โดยผู้สมัครที่อยู่ในประเทศไทยสามารถยื่นส่งใบสมัครและเอกสารประกอบใบสมัครตามที่ระบุไว้ในระเบียบการ ซึ่งสามารถศึกษาเพิ่มเติมได้จากหน้าเว็บไซต์สถานเอกอัครราชทูตญี่ปุ่นประจำประเทศไทย

นอกจากทุนข้างต้นนี้ ยังมีทุนต่างๆอีกมากมาย ทั้งในเครือรัฐบาลญี่ปุ่น JASSO และทุนจากสถาบันศึกษาต่างๆที่เราต้องขอไปที่สถาบันนั้นๆโดยตรง ผู้ที่สนใจสามารถศึกษาข้อมูลได้จากหน้าเว็บไซต์หรือระเบียบการของสถาบันศึกษา หรือติดต่อเจ้าหน้าที่ที่ดูแลด้านนั้นโดยตรง