ประเทศญี่ปุ่น มีลักษณะเป็นหมู่เกาะน้อยใหญ่ที่อยู่รวมกัน ราว 6,852 เกาะ ตั้งอยู่ใกล้ชายฝั่งแปซิฟิกของเอเชียตะวันออก ระหว่างละติจูด 24 องศา และ 46 องศาเหนือ และลองติจูด 122 องศา และ 146 องศาตะวันออก โดยมีทะเลญี่ปุ่นกั้นกลางระหว่างแผ่นดินใหญ่และเกาะญี่ปุ่น พรมแดนทางทะเลตะวันตกติดกับประเทศเกาหลีใต้และจีน พรมแดนทางเหนือติดกับประเทศรัสเซียโดยมีทะเลโอค็อตสก์ (Sea of Okhotsk ) เป็นเส้นแบ่งเขตแดน

ความยาวตั้งแต่เหนือสุดจรดใต้สุดประมาณ 3,300 กิโลเมตร และมีขนาดพื้นที่ประมาณ 377,800 ตารางกิโลเมตร หมู่เกาะหลักไล่จากเหนือลงใต้ ได้แก่ ฮอกไกโด, ฮอนชู, ชิโกกุ, คิวชู และหมู่เกาะริวกิวรวมถึงเกาะโอกินาวา โดยเกาะฮอนชูหรือแผ่นดินใหญ่ที่สุดของญี่ปุ่น มีขนาด 231,121 ตารางกิโลเมตร เป็นเกาะที่ใหญ่เป็นอันดับ 7 ของโลก

ลักษณะภูมิประเทศของญี่ปุ่นถือว่ามีความหลากหลายอีกทั้งแต่ละพื้นที่ก็มีความแตกต่างกันอย่างชัดเจน ดังนั้นในแต่ละภูมิภาคที่แบ่งตามสภาพทางภูมิศาสตร์และภูมิประเทศจึงมีลักษณะที่สำคัญ ดังต่อไปนี้

เกาะฮอกไกโด ตั้งอยู่ทางเหนือสุด มีขนาดพื้นที่ราวๆ 83,457 ตารางกิโลเมตร ลักษณะพื้นที่เป็นเทือกเขาและที่ราบลุ่มซึ่งถูกโอบล้อมด้วยทะเลทุกทิศทาง เป็นเกาะที่เต็มไปด้วยธรรมชาติอุดมสมบูรณ์ มีทั้งทะเลสาบ พื้นที่ชุ่มน้ำ ภูเขาไฟ ชายฝั่งทะเล เทือกเขาที่ปกคลุมด้วยต้นไม้ประเภทสน อีกทั้งยังอยู่ในเขตที่มีอากาศหนาวเย็นจึงป็นดินแดนที่มีฤดูร้อนเย็นสบายมากกว่าภูมิภาคอื่น

เกาะฮอนชู เกาะหลักที่มีขนาดใหญ่ที่สุด มีพื้นที่ราวๆ 231,121 ตารางกิโลเมตร คิดเป็น 60% ของพื้นทีทั้งประเทศ มีชายฝั่งติดทะเลยาวกว่า 5,450 กิโลเมตรรอบเกาะ พื้นที่ส่วนใหญ่ของเกาะเป็นที่ราบสูงและภูเขาสูงชัน เช่น ที่ราบคันโต, ที่ราบโทโฮกุ โดยมีภูเขาที่สูงที่สุดคือภูเขาไฟฟูจิ ทางด้านตะวันออกและทางใต้เป็นพื้นที่ราบ และเป็นที่ตั้งของเมืองสำคัญมากมาย อย่างโตเกียว โยโกฮามา นาโกย่า เกียวโต โอซาก้า ฮิโรชิมา

เกาะชิโกกุ เกาะที่เล็กที่สุดในบรรดาเกาะหลัก มีขนาดราวๆ 18,793 ตารางกิโลเมตร ถูกล้อมรอบ 3 ด้านด้วยเกาะฮอนชูและเกาะคิวชู ถูกแบ่งออกเป็นตอนเหนือและตอนใต้โดยภูเขาสูงชัน ฝั่งเหนือจะมีปริมาณน้ำฝนน้อยและมีเมืองอุตสาหกรรมอยู่ตลอดแนว ส่วนฝั่งใต้ด้านมหาสมุทรแปซิฟิกนั้นส่วนใหญ่เป็นพื้นที่ป่าอุดมสมบูรณ์ และตอนกลางของเกาะมีภูเขาสูงกว่าระดับน้ำทะเล 1,000-2,000 เมตร

เกาะคิวชู ตั้งอยู่ทางใต้สุด มีพื้นที่ราวๆ 42,194 ตารางกิโลเมตร ตั้งอยู่ในภาคตะวันตกเฉียงใต้ของหมู่เกาะญี่ปุ่น มีอากาศที่อบอุ่นและมีฝนตกค่อนข้างมาก ภูมิประเทศเป็นแบบสูงต่ำสลับกัน ส่วนใหญ่เป็นชายทะเลและภูเขาอันอุดมสมบูรณ์ ตอนบนของเกาะเป็นเขตอุตสาหกรรมส่วนทางตอนใต้เป็นพื้นที่เกษตรกรรมที่สำคัญ

หมู่เกาะริวกิวและเกาะโอกินาวา มีพื้นที่รวมทั้งหมด 2,265 ตารางกิโลเมตร เป็นหมู่เกาะที่มีแนวยาวคล้ายรูปโซ่ในแปซิฟิกตะวันตก อยู่สุดขอบทางตะวันออกของทะเลจีนตะวันออก และอยู่ทางตะวันตกเฉียงใต้ของเกาะคิวชู โดยมีเกาะหลักคือโอกินาวา มีภูมิอากาศแบบกึ่งเขตร้อนซึ่งมีฤดูหนาวที่เย็นสบายและอากาศร้อนในฤดูร้อน รวมทั้งมีทรัพยากรใต้ทะเลที่อุดมสมบูรณ์ด้วย

ในระบบการแบ่งเขตภูมิอากาศแบบเคิพเพิน (Köppen climate classification) พื้นที่ส่วนใหญ่ของญี่ปุ่นเช่นบนเกาะฮอนชู, ชิโกกุและคิวชู จัดอยู่ในประเภทเขตอบอุ่นที่มีสภาพภูมิอากาศกึ่งเขตร้อนชื้นและที่สำคัญคือในแต่ละฤดูกาลจะมีความแตกต่างของสภาพภูมิอากาศอย่างชัดเจน

ลักษณะทางภูมิศาสตร์ของญี่ปุ่นทำให้การแบ่งเขตภูมิอากาศมีการแบ่งเป็น 6 เขต ดังต่อไปนี้

ฮอกไกโด (Hokkaido) มีภูมิอากาศแบบทวีปชื้นที่มีฤดูหนาวเย็นและยาวนาน และมีฤดูร้อนที่อากาศค่อนข้างอุ่นมากถึงเย็น มักมีกองหิมะลึกในฤดูหนาว

ทะเลญี่ปุ่น (Sea of Japan) ตั้งอยู่ชายฝั่งทะเลทางฟากตะวันตก เป็นเขตที่ได้รับอิทธิพลจากลมฤดูหนาวจากทิศตะวันออกเฉียงเหนือทำให้มีหิมะตกหนักมากในโทโฮคุ ฤดูร้อนมีฝนตกน้อย และบางครั้งก็มีอุณหภูมิสูงมาก

ที่ราบสูงตอนกลาง (Central Highland) เป็นเขตที่มีการเปลี่ยนแปลงของอุณหภูมิแตกต่างกันมากระหว่างฤดูร้อนกับฤดูหนาวและระหว่างกลางวันกับกลางคืน ปริมาณน้ำฝนต่ำกว่าบนชายฝั่งเนื่องจากผลกระทบของเขตเงาฝน

ทะเลในแผ่นดินเซะโตะ (Seto Inland Sea) อยู่ในเขตภูเขาชูโกกุและเกาะชิโกกุที่กั้นทะเลในแผ่นดินออกเซะโตะจากลมตามฤดูกาล ทำให้มีลมฟ้าอากาศไม่รุนแรง และมีจุดเด่นคืออากาศดีตลอดปีไม่มีการเปลี่ยนแปลงมากระหว่างฤดูร้อนและหนาว

ชายฝั่งมหาสมุทรแปซิฟิก (Pacific Ocean) มีลักษณะภูมิอากาศแบบกึ่งเขตร้อนชื้น ซึ่งมีฤดูหนาวไม่รุนแรง มีหิมะตกบางครั้ง ส่วนในฤดูร้อนมีอากาศร้อนและชื้น

หมู่เกาะริวกิว (Ryukyu Islands) มีภูมิอากาศแบบกึ่งเขตร้อน โดยมีฤดูหนาวที่อบอุ่นและฤดูร้อนที่อากาศร้อน มีฝนตกมากและมักจะมีไต้ฝุ่นผ่านมาในช่วงเปลี่ยนฤดู

สำหรับอุณหภูมิเฉลี่ยทั้งแบบทั้งประเทศในฤดูหนาวอยู่ที่ 5.1 องศาเซลเซียส และอุณหภูมิเฉลี่ยในฤดูร้อนอยู่ที่ 25.2 องศาเซลเซียส

ทรัพยากรธรรมชาติของญี่ปุ่นที่มีมากที่สุดคือ ป่าไม้ บนภูเขาส่วนใหญ่เต็มไปด้วยป่าธรรมชาติและสวนป่า เช่นเกาะฮอกไกโดปกคลุมด้วยป่าสน และเกาะอื่นๆก็ปกคลุมไปด้วยป่าไม้ผลัดใบ, ป่าผสมและป่าไม้ใบกว้างเขตอบอุ่น เป็นต้น

มีสัตว์ป่ามากกว่า 90,000 ชนิดเช่นหมีสีน้ำตาล ลิงกังญี่ปุ่น ทานุกิ หนูนาญี่ปุ่นใหญ่ และซาลาแมนเดอร์ยักษ์ญี่ปุ่น นอกจากนี้ยังมีสัตว์จำนวนไม่น้อยเลยที่ไม่มีอยู่ที่อื่นบนโลกนอกจากที่เกาะญี่ปุ่น มีการตั้งเครือข่ายอุทยานแห่งชาติขนาดใหญ่เพื่อคุ้มครองพื้นที่สำคัญของพืชและสัตว์ตลอดจนเขตพื้นที่ชุ่มน้ำตามอนุสัญญาแรมซาร์ 37 แห่ง, และมี 4 แห่งที่ได้รับการลงทะเบียนในรายการมรดกโลกของยูเนสโก

และเพราะเป็นประเทศที่มีทะเลล้อมรอบทั้ง 4 ด้าน จึงทำให้มีปลามากมาย ทำการประมงได้หลากหลายชนิด ซึ่งในทะเลที่เป็นการปะทะกันของกระแสน้ำอุ่นกับกระแสน้ำเย็นจากฝั่งทะเลญี่ปุ่นและฝั่งมหาสมุทรแปซิฟิก อีกทั้งน้ำในทะเลญี่ปุ่นมีความเข้มข้นของออกซิเจนละลายอยู่สูง ส่งผลให้ความอุดมสมบูรณ์ทางชีวภาพจึงอุดมไปด้วยปลาทะเลขนาดใหญ่เช่น ปลาทูน่า

นอกจากนี้ยังมีทรัพยากรอื่นๆ ได้แก่ แร่ธาตุ เช่น ทองคำ เงิน ตะกั่ว ทองแดง ซีเมนต์ ก๊าซธรรมชาติ ถ่านหิน และพลังงานจากน้ำ (Hydropower)

ในส่วนของด้านสิ่งแวดล้อม รัฐบาลญี่ปุ่นก็มีการริเริ่มกฎหมายคุ้มครองสิ่งแวดล้อมหลายฉบับตั้งแต่ปี ค.ศ. 1970 และในเหตุการณ์ วิกฤตการณ์น้ำมันปี ค.ศ.1973 ยังส่งเสริมการใช้พลังงานอย่างมีประสิทธิภาพ เพื่อไม่ให้เกิดปัญหาการขาดแคลนทรัพยากรธรรมชาติในอนาคตด้วย