Gen-Jutsu เป็นวิชาที่ทำให้คนเชื่อว่านินจามันเจ๋งและลึกลับจริงๆ โดยวิชานี้ก็คือการสร้างภาพลวงตาที่เราได้เห็นในหนังหรือการ์ตูนบ่อยๆ เช่นใช้วิชานินจาหายตัวไป ทิ้งร่องรอยแค่ควันขโมง บางครั้งก็รู้สึกว่านี่มันนินจาหรือพ่อมดกันแน่ แต่จริงๆ แล้วมันเป็นเพียงทริกอย่างหนึ่งในวิชานินจาเท่านั้น ไม่ใช่เวทมนตร์ใดๆ เคล็ดลับอยู่ที่การหลอกตาคนให้เชื่อว่ากลายเป็นควันหายไป แต่จริงๆ แล้วก็ซ่อนตัวอย่างเงียบเชียบอยู่แถวนั้น เหมือนๆ กับนักมายากลนั่นเอง

วิชานินจาแยกร่างก็เป็นอีกวิชายอดฮิตที่เห็นในหนังและการ์ตูนบ่อยๆ เป็นวิชาที่เหลือเชื่อว่าจะเป็นไปได้ยังไง ที่แค่ท่องคาถาแล้วก็จะสามารถแบ่งร่างออกเป็นตัวเองได้อีกหลายๆ คน จริงๆ แล้วว่ากันว่าเป็นการใช้ความเร็วสูงในการขยับตัว ทำให้ศัตรูเห็นภาพติดตา บ้างก็ว่าเป็นการเรียกพรรคพวกมารวมตัวกันเพื่อหลอกคู่ต่อสู้ เนื่องจากนินจาแต่งตัวเหมือนกันไปหมด มองผ่านๆศัตรูไม่มีทางแยกออกแน่นอน และก็ยังมีทฤษฎีอื่นๆอีกด้วย (แต่ถ้ารู้เทคนิคลับกันหมด วิชานินจาก็ไม่ใช่เคล็ดลับอีกต่อไปสิ)

ตอนแรกๆ ก็คงจะคิดว่านินจาอาจจะต้องทำงานคนเดียว รีบไปรีบกลับ แต่จริงๆ แล้วบางครั้งนินจาก็ต้องมีการติดต่อสื่อสารเพื่อล้วงความลับออกจากผู้คนเหมือนกัน และบางครั้งก็ต้องอาศัยความร่วมมือของคนอื่นเพื่อที่จะทำงานให้ลุล่วงตามเป้าหมาย ฉะนั้นนินจาจึงต้องมีความสามารถทางด้านจิตวิทยาประมาณหนึ่งเพื่อที่จะสามารถบังคับใจให้คนๆ นั้นร่วมมือได้ Taijin-Jutsu ก็เป็นวิชาที่โน้มน้าวจิตใจโดยการอาศัยประสาทสัมผัสทั้งห้าของคน

นินจามีความสามารถในการวิ่งเร็วและเงียบเชียบ เพราะนินจาเป็นผู้เชี่ยวชาญทางด้านการส่งข่าวสาร วิชานินจาวิ่งไวเรียกว่า SoJutsu บางตำราบันทึกไว้ว่านินจาที่สามารถวิ่งได้มากกว่า 200 กิโลเมตร/วันจะได้รับค่าแรงมากกว่านินจาธรรมดาๆ ถึง 5 เท่า (ว่าแต่ 200 กิโลเมตรนี่มากกว่า 5 เท่าของการวิ่ง full marathon อีกนะ!)

ไม่ใช่ว่านินจาจะต้องหนีคู่ต่อสู้เพียงอย่างเดียว ในกรณีที่เลี่ยงไม่ได้ Taijutsu จึงเป็นสิ่งจำเป็น Taijutsu เป็นการต่อสู้ด้วยมือเปล่าของนินจา ไม่ว่าจะเป็นการเตะต่อยต่างๆ ในเวลาที่เจอคู่ต่อสู้แบบประชิดตัว บางทีก็มีการใช้พลังภายในช่วยด้วย อย่างการบังคับสติและลมหายใจเพื่อการโจมตีที่ได้ผลมากยิ่งขึ้น แต่โดยทั่วไปแล้วนินจาที่ใช้ Taijutsu จะสามารถต่อสู้ได้โดยไม่ต้องอาศัยพลังภายในและอาวุธใดๆ ในปัจจุบัน Taijutsu ก็สามารถแบ่งออกไปเป็นส่วนหนึ่งของศิลปะป้องกันตัวด้วยเช่นกัน