Kunai มีลักษณะคล้ายมีดขนาดประมาณ 10-15 ซม. ทำจากเหล็ก ใช้เป็นอาวุธในการโจมตีและบางครั้งก็ใช้ขว้างเหมือนชูริเคนได้ โดยปกติจะซ่อนเอาไว้ตรงข้อมือหรือร้อยเอาไว้ตรงเอวเพื่อให้หยิบใช่ได้สะดวก จัดเป็นอาวุธสารพัดประโยชน์ของนินจาเลย

ลูกตุ้มติดโซ่ หรือ Manriki-gusari เป็นอีกหนึ่งอาวุธสารพัดประโยชน์ของนินจา โดยมีติดลูกตุ้มเอาไว้ที่สองฝั่งของปลายโซ่เพื่อใช้ในการเหวี่ยงน้ำหนักโจมตีคู่ต่อสู้ โดยสามารถปรับระยะความยาวของโซ่ตามระยะห่างของศัตรูได้ นอกจากนี้ยังสามารถใช้ช่วยในการปีนป่ายด้วยเช่นกัน

มีลักษณะเป็นแหวนสวมนิ้วมือที่มีหนามติดอยู่ ในกรณีที่ไม่สามารถหลีกเลี่ยงการต่อสู้ระยะประชิดได้ นินจาจะใช้แหวนติดหนามนี้ปักลงไปที่จุดตายของคู่ต่อสู่ โดยหนามที่มีความแหลมคมจะปักทะลุลงไปทำให้คู้ต่อสู้ไม่สามารถสู้ต่อได้ ยิ่งถ้าทาพิษลงไปก็สามารสังหารคู่ต่อสู้ได้อย่างเงียบเชียบและง่ายดายมาก

โดยปกติแล้วกรงเล็บเหล็กเป็นอุปกรณ์ที่ใช้ในการทำนาหรือตัดหญ้า และเนื่องจากนินจาต้องรู้จักการใช้ของรอบกายเป็นอาวุธ กรงเล็บเหล็กจึงถูกดัดแปลงให้เป็นอาวุธที่ใช้ในการโจมตี โดยสามารถผูกติดกับหลังมือเพื่อใช้ในการข่วนศัตรูตอนที่ต้องต่อสู้ระยะประชิดตัว

ดาบของนินจาจะต่างจากดาบของซามูไร ดาบนินจาจะเป็นดาบตรงและสั้นกว่า ความยาวของดาบอยู่ที่ประมาณไม่เกิน 2 ฟุต แต่ดาบของซามูไรจะมีส่วนโค้งเว้าและยาวประมาณ 2 ฟุตครึ่ง เพราะว่าดาบนินจาจำเป็นจำต้องพกพาสะดวกและสามารถใช้ได้ในหลายสภานการณ์ ดาบนินจาที่เราสามารถหาดูได้ในพิพิธภัณฑ์ต่างๆ ในญี่ปุ่นนั้นส่วนใหญ่ถูกสร้างขึ้นมาในสมัยเอโดะ แต่จริงๆ แล้วมีมาก่อนหน้านั้น และไม่มีใครทราบว่ามันอยู่ที่ไหน คงจะสืบทอดต่อๆ กันไปในตระกูลนินจาเป็นแน่แท้

อาวุธที่ฮิตที่สุดของนินจาและเป็นที่รู้จักดีก็คงไม่พ้นชูริเคน บ้านเราเรียกว่าดาวกระจาย แต่ภาษาญี่ปุ่นและภาษาอังกฤษจะเรียกทับศัพท์ว่า ชูริเคน เราๆ คงจะเคยเห็นหนังที่นินจาปาแผ่นเหล็กที่หน้าตาคล้ายดอกไม้ต่างๆ ออกไปใส่คู่ต่อสู้ นั่นคือชูริเคนนั่นเอง ชูริเคนมีหลายชนิดแต่ที่เป็นที่รู้จักดีก็จะเป็นแบบที่เป็นแผ่นๆ มีแฉก แต่จริงๆ แล้วมีชูริเคนอยู่มากกว่า 50 ชนิด หลากหลายรูปร่างแล้วแต่การใช้งาน นอกจานี้พื้นผิวของชูริเคนสามารถทาพิษลงไปและติดแน่นได้ง่ายอีกด้วย

เคียวติดโซ่เป็นอาวุธอีกอันของนินจาที่เบาและกะทัดรัด เป็นการเอาเคียวเล็กมาติดไว้กับโซ่เพื่อการโจมตีได้ในระยะไกลยิ่งขึ้น ความยาวของโซ่มีตั้งแต่ 1-4 เมตรแล้วแต่ความถนัด เคียวติดโซ่นี้ไม่ได้เป็นอาวุธเฉพาะของนินจาเหมือนกับชูริเคน แต่เป็นอาวุธที่คนทั่วๆ ไปอย่างชาวบ้านก็นิยมใช้ป้องกันตัวกันเพราะว่าไม่ได้รับอนุญาติให้พกดาบเหมือนกับซามุไรนั่นเอง

นินจาจะต้องทำงานให้เงียบเชียบที่สุด และบางทีในสถาณการณืที่ช่วยไม่ได้ นินจาก็จำเป็นจะต้องเลี่ยงการต่อสู้ที่จะทำให้เอิกเกริก นินจาจึงใช้ Makibishi ที่เป็นลูกหนามที่นินจาจะเอาไว้โปรยลงบนพื้นเพื่อสร้างกับดัก ช่วยให้หนีออกจากคู่ต่อสู้ที่วิ่งตามได้ เพราะว่าสมัยก่อนรองเท้าของคนญี่ปุ่นเป็นแค่แผ่นฟางมาสานรวมกัน ฉะนั้นถ้าเหยีบบโดนก็จะไม่สามารถวิ่งต่อได้ หรืออย่างน้อยก็สามารถใช้ถ่วงเวลาเพื่อที่นินจาจะได้หนีได้

กรงเล็บแมวนั้นก็ชื่อตรงตัวเลย Neko แปลว่า "แมว" และ de มาจากคำว่า "มือ" เป็นเล็บเหล็กแหลมคมที่สวมไปบนนิ้ว เหมือนกับแมวตอนกางกรงเล็บ เพื่อใช้ในการข่วนคู่ต่อสู้ โดยส่วนใหญ่แล้วนินจาจะทาพิษลงไปบนกรงเล็บก่อน เพื่อให้การโจมตีได้ผลรวดเร็วยิ่งขึ้น เพราะว่าสามารถจัดการคู่ต่อสู้ได้แม้แต่แค่รอยถลอกเล็กๆ นอกจากจะใช้ในการต่อสู้แล้ว ยังช่วยให้นินจาสามารถปีนต้นไม้ได้เหมือนแมวด้วย

อาวุธของนินจานั้นมีจุดสำคัญคือสามารถโจมตีได้โดยที่ไม่มีใครมองเห็น การเป่าลูกดอกเป็นอีกอาวุธสำคัญของนินจา เราคงจะเคยเห็นในหนังที่นินจาทายาสลบหรือยาพิษลงบนลูกดอกก่อนจะเป่ามันใส่คู่ต่อสู้ในระยะไกล บางทีนินจาก็ปลอมตัวเป็นคนเดินถนน เวลาเจอเป้าหมายก็จะเล็งหามุมก่อนจะเป่าลูกดอกออกไปด้วยความรวดเร็วให้โดนเป้าหมาย ส่วนใหญ่แล้วจะเป็นการเล็งเน้นให้โดนที่คอเพราะว่าเป็นจุดที่เส้นเลือดใหญ่เดินผ่าน ทำให้พิษกระจายไปทั่วร่างการได้เร็วทันตานั่นเอง นอกจากนี้กระบอกนี้ยังสามารถใช้เป็นท่อหายใจยามซ่อนตัวในน้ำได้อีกด้วย