วัดเป็นของศาสนาพุทธ ส่วนศาลเจ้าเป็นของชินโต ซึ่งแตกต่างกันอย่างสิ้นเชิง เรื่องของศาสนาพุทธก็จะคล้ายๆ กับบ้านเรา คือเดินทางมาจากอินเดีย แต่ชินโตเป็นลัทธิตามความเชื่อดั้งเดิมของชาวญี่ปุ่น ซึ่งยกย่องเกียรติและความมีตัวตนของเทพเจ้าเป็นหลัก

สิ่งศักดิ์สิทธิ์ในศาลเจ้าคือ เทพเจ้าต่างๆ ซึ่งจะมีสิ่งแทนตัวเทพเจ้าอยู่หลากหลายชนิด ว่ากันว่ามีมากเป็นล้านๆ องค์เลย แต่สิ่งศักดิ์สิทธิ์ในวัดญี่ปุ่นจะเป็นองค์พระพุทธเจ้าหรือไม่ก็เจ้าแม่กวนอิมเท่านั้น

ชื่อของศาลเจ้ามักจะลงท้ายด้วย Jingu, Jinja หรือ Taisha เช่น Meiji-Jingu หรือ Izumo Taisha ส่วนชื่อของวัดมักจะลงท้ายด้วย Ji เช่น Kinkaku-ji หรือ Jindai-ji

บริเวณหน้าศาลเจ้ามักจะมีบ่อน้ำให้ล้างมือหรือบ้วนปากก่อนเข้าไปภายในเพื่อเป็นการชำระล้างให้ร่างกายบริสุทธิ์ ส่วนบริเวณด้านหน้าวัดมักจะมีกระถางธูปขนาดใหญ่วางอยู่ โดยควันที่ออกมาจากธูปนั้นเชื่อว่าจะปัดเป่าความชั่วร้ายออกไปให้

ในบริเวณวัดมักจะมีเจดีย์ รวมถึงระฆังอยู่เป็นเอกลักษณ์ ในขณะที่บริเวณปากทางเข้าศาลเจ้าจะมีเสา Torii อยู่ให้ลอดก่อนเข้าไปบริเวณภายใน เสา Torii นี้บ้างก็ทำมาจากทั้งหินหรือไม่ก็ไม้ เอาเป็นว่าถ้าเห็นเสา Torii ก็บอกได้เลยว่าเป็นศาลเจ้าแน่นอน